Vo vzťahu ku nekatolíckym cirkvám radi spolupracujeme so všetkými znovuzrodenými kresťanmi, ktorí milujú Krista a chcú žiť podľa Jeho príkladu. Zapojili sme sa v Ekumenickej rade cirkví, pri ekumenickom preklade Písma, spolupracujeme v tlači, v misii a diakonii. Ku svätej Večeri Pána pozývame aj členov iných kresťanských cirkví, ale iba tých, ktorí vyznávajú Ježiša ako svojho Spasiteľa a Pána a Duch svätý im dosvedčuje, že sú Božie deti (R8,16). Bránime sa formalizmu a matrikovému kresťanstvu, ktoré je prekážkou života viery. Z teologickej pozície sa bránime užšej spolupráci s liberálnymi kresťanmi, ktorí znižujú autoritu Písma a ktorí Božie slovo "demytologizujú" a tým narušujú jemné tkanivo zjavenej pravdy a skresľujú tak vlastné posolstvo. Chceme slúžiť ekuméne dôrazom na osobné obrátenie, zbožnosť, modlitebný život a vrúcnosť vzťahu ku Kristu. Ide nám o pokánie a obrat života aký prežil apoštol Pavel, Augustín, František z Asissi, Hus, Luther, Pascal, Zinzendorf a mnohí ďalší. Ako cirkev, ktorá sa rozvinula z evanjelizačnej práce, nechceme zabúdať na hlavnú povinnosť učeníkov Pána Ježiša, získavať nie iba tých, ktorí sympatizujú, ale privádzať ku Kristu skutočných učeníkov (Mt 28,19), ktorí nasledujú a slúžia.
Vo vzťahoch s rímskokatolickou cirkvou vidíme ešte veľa nedoriešených otázok, s ktorými si nevieme poradiť. V zásade veríme, že máme ako kresťania spoločných viac ako 14 storočí cirkevných dejín. Po búrlivých dobách reformácie a protireformácie sme si boli veľmi ďaleko. Myslím, že sme ale boli schopní sa vždy učiť od výrazných svedkov katolíckej cirkvi. S vďačnosťou sme sledovali priebeh 2. vatikánskeho koncilu a radovali sa z dôrazov položených na štúdium Písma, na ekumenickú spoluprácu a na evanjelizáciu vnútornú i vonkajšiu. S vďačnosťou sme čítali prejavy smerujúce k zdôrazneniu slobody svedomia, k prehodnoteniu pohľadu na upálenie Jána Husa i odsúdeniu hroznej zásady "Cuius Regio - eius religio". Dnes radi spolupracujeme pri rôznych spoločných akciách. Máme slobodu k používaniu dobrej katolíckej literatúry, piesní a k čerpaniu z christocentrickej zbožnosti. Sú nám blízki katolícki bratia, ktorí žijú pokorný a obetavý život lásky v duchu Ježiša Krista. Na druhej strane nás trápia nedoriešené otázky medzicirkevných vzťahov.
V mnohých smeroch sme ale dnes u nás ďalej, ako inde v Európe. Veríme, že modlitby, štúdium Písma a spolupráca v misii a diakonii nás môžu zblížiť. Veríme, že jednota cirkvi má svoj základ v Kristu a tam chceme so všetkými úprimnými kresťanmi smerovať. Doba je dnes príliš vážna na dlhé a vlečúce sa spory. Možno, že nám zostáva už iba málo času na službu a zvestovanie Krista Slovenskej republice. Slúžme, pretože Boh doteraz hovorí a oslovuje človeka.
V zahraničí najužšie spolupracujeme s Cirkvou bratskou v Českej republike.
S ostatnými sesterskými cirkvami tvoríme Medzinárodnú federáciu slobodných evanjelikálnych cirkví (IFFEC).