Cirkev bratská sa pokladá za súčasť svetového kresťanstva a všeobecnej Cirkvi. Počiatky Cirkvi bratskej na Slovensku siahajú k prebudeneckým prúdom 19. storočia, ktoré prenikli aj na naše územie. Z úprimne veriacich jednotlivcov a rodín na východnom Slovensku a v Bratislave, ktoré sa schádzali v domácnostiach sa sformovali zbory Jednoty českobratskej v Prešove (1923) a v Bratislave (1926). Počas Slovenského štátu bola činnosť týchto zborov zakázaná a ich modlitebne zatvorené. Po páde fašizmu svoju činnosť obnovili. Po roku 1948, keď komunistický režim zrušil cirkevné spolky, značná časť členov abstinentského spolku Modrý kríž so sídlom v Starej Turej vstúpila do Cirkvi bratskej. Počas komunistickej diktatúry bola  pod prísnym dohľadom a viacerí jej členovia boli za svoju činnosť väznení a perzekuovaní.

K ďalšiemu rozvoju a naplneniu jej poslania dochádza znovu po politických zmenách v r. 1989. Od roku 1993 pôsobí Cirkev bratská samostatne v oboch nových republikách; obe časti však naďalej tvoria jednu cirkev.

V súčasnosti tvorí Cirkev bratskú 15 miestnych zborov a 21 zborových staníc v ich okolí.